在我們腸道裡面的菌種超過1000種，數量更高達1000兆個，重量大概有1.5公斤左右，而這些菌種可以分為好菌、壞菌以及中間菌，會因為各種數量的不同而影響著我們的「腸道菌相」，也就是我們「腸道的環境」。
而也越來越多研究發現，如此複雜的腸道環境和許多疾病有著關聯性，也就是會影響著身體的健康；除此之外其還有「第二個大腦」這個美名，我們都知道大腦是複雜的神經系統，但其實腸道神經系統也是會去影響神經傳導物質的分泌，而且會透過「腦腸軸線」（gut-brain axis）與大腦相互聯絡。
益生菌所需要的食物有個專有名詞為益生質(Prebiotics)，來源像是膳食纖維與寡糖，由於他們無法被人體酵素所分解，所以可以完整抵達腸道做為益生菌的食物。當益生菌獲得此類食物時，就能代謝產生乳酸、醋酸、丙酸、丁酸等，此時就可以：
1. 酸化腸道環境來抑制有害菌的增殖
2. 改善消化情形，促進腸蠕動
3. 調節腸道菌叢的平衡
4. 提升免疫能力，預防過敏以及感染